• 목록
  • 아래로
  • 위로

2021-10-31 01.33.27.jpg

아니 뭐 했다고 12월이... (주륵) 


 

1. 처음보는 파일인데 뭔 파일인가요? 

FASTA와 FASTAQ파일은 생물학 전공자, 특히 Bioinformatics를 하는 사람들이 아니면 볼 일은 크게 없습니다. 왜냐하면... DNA/RNA/단백질의 시퀀스 데이터를 담고 있는 파일이니까요. (대충 펀쿨섹좌 짤) 생물정보학쪽으로 종사하거나 공부하는 사람들이라면 적어도 한번은 접해본 적 있는 파일입니다. 특히 FASTA 파일은요. (Biopython도 첫 빠따는 FASTA 파일 여는겁니다) 

 

2. FASTA file

스크린샷, 2021-12-09 12-30-27.png.jpg

(NCBI의 sra data)

스크린샷, 2021-12-09 12-41-34.png.jpg

(RCSB PDB에서 제공하는 단백질 시퀀스)

 

FASTA 파일은 단백질 혹은 핵산 시퀀스 데이터를 담고 있는 파일입니다. 프로그래머는 첫 빠따가 hello, world!이고 양자역학에는 슈뢰딩거 방정식이 있듯이 그게 뭔데요 몰라 아무튼 복잡한거 있어 FASTA 파일은 꺾쇠(>)로 시작하는 게 국룰입니다. 꺾쇠 시퀀스 꺾쇠 시퀀스죠. 꺾쇠는 description영역이고, 어떤 DB에서 받았느냐에 따라 다르게 기재됩니다. 

스크린샷, 2021-12-09 12-13-36.png.jpg

DB가 생각보다 많으니 대충 이렇구나만 보고 넘어가시면 됩니다. 

 

3. FASTAQ file

스크린샷, 2021-12-09 12-29-51.png.jpg

(sra data file)

FASTAQ 파일도 국룰이 있는데, 네 줄로 끊어서 기록하는 게 국룰입니다. 

 

1. 첫 줄은 골뱅이(@)로 시작하고, description 영역입니다. (이 시퀀스 뭐임) 

2. 두번째 줄에 시퀀스 데이터가 들어갑니다. 

3. 세번째 줄은 더하기(+)로 시작하고 optional 영역입니다. 

4. 네번째 줄에 Quality values가 들어갑니다. 이래서 FASTAQ인가 

 

NGS(Next-generation sequencing)을 진행하게 되면 쌩으로 생성되는 파일은 BCL(이진 파일)이고, 이걸 변환해서 최종적으로 FASTAQ 파일이 나오게 됩니다. 퀄리티 값도 그것때문에 있는거고요. 생물정보학에서 사용하는 Biopython은 두 파일 다 불러올 수 있고, FASTAQ파일의 경우 FASTA파일로 변환도 가능하지만 역으로 변환은 안 됩니다. FASTA 파일은 시퀀스 데이터만 존재하거든요. 

 

Appendix.  FASTA/FASTAQ file에서 쓰는 문자 

스크린샷, 2021-12-09 12-16-04.png.jpg

(DNA/RNA용 문자)

스크린샷, 2021-12-09 12-16-18.png.jpg

(단백질용 문자, FASTA)

 

FASTAQ는 단백질에 대해서는 생성되지 않습니다. (단백질은 시퀀싱을 못하죠...)

 

Appendix 2. FASTAQ의 Quality value

스크린샷, 2021-12-09 12-54-55.png.jpg

Quality value는 ASCII code 중 인쇄 가능한 글자를 사용하며, !가 제일 작고 ~가 제일 큽니다. 

포함 2명이 추천

추천인 2

작성자
국내산라이츄 104 Lv. (78%) 878400/882000EXP

인생은 양자역학이외다

댓글 0

권한이 없습니다.
번호 제목 글쓴이 날짜 조회 수
53 48. CAS번호에 대해 알아보시츄 1 image 국내산라이츄 국내산라이츄 24.07.08.22:49 727
52 47. 수소결합에 대해 알아보시츄 image 국내산라이츄 국내산라이츄 24.05.15.23:11 995
51 46. 유클리드 호제법에 대해 알아보시츄 image 국내산라이츄 국내산라이츄 24.02.12.01:20 923
50 45. blue white screening에 대해 알아보시츄 image 국내산라이츄 국내산라이츄 23.06.11.22:40 3301
49 44. 지수와 로그츄 3 image 국내산라이츄 국내산라이츄 23.05.06.22:27 1735
48 특별편: 도덕책 자가검진키트의 원리는 무엇인가... image 국내산라이츄 국내산라이츄 23.04.29.00:30 2500
47 43. 산화와 환원에 대해 알아보시츄 1 image 국내산라이츄 국내산라이츄 23.04.25.00:36 829
46 42. 명제에 대해 알아보시츄 6 image 국내산라이츄 국내산라이츄 23.01.26.04:08 11854
45 41. 볼티모어 분류에 대해 알아보시츄 image 국내산라이츄 국내산라이츄 22.10.23.00:30 12264
44 40. SI 접두어에 대해 알아보시츄 (+IUPAC 접두어) 2 image 국내산라이츄 국내산라이츄 22.10.10.00:11 1900
43 39. 불 대수와 논리게이트에 대해 알아보시츄 image 국내산라이츄 국내산라이츄 22.09.26.02:18 1795
42 38. 감마퐝숀이었츄 1 image 국내산라이츄 국내산라이츄 22.04.25.23:41 4192
41 특별편: 저세상 코드 등⭐장 image 국내산라이츄 국내산라이츄 22.01.14.17:07 6695
40 37. VCF file image 국내산라이츄 국내산라이츄 22.01.06.14:56 7681
39 36. Bradford assay였츄 4 image 국내산라이츄 국내산라이츄 21.12.28.12:12 2670
35. FASTA와 FASTAQ 파일이었츄 image 국내산라이츄 국내산라이츄 21.12.09.13:27 3316
37 34. 단백질이 접히는 과정츄 5 image 국내산라이츄 국내산라이츄 21.11.16.12:38 3536
36 33. 그래프 이론이었츄 4 image 국내산라이츄 국내산라이츄 21.11.12.12:56 1054
35 32. SMILES였츄 image 국내산라이츄 국내산라이츄 21.11.12.11:45 606
34 31. EC50과 IC50이었츄 12 image 국내산라이츄 국내산라이츄 21.10.31.23:32 2859